Hijo de un hojalatero, aprendió el oficio de su padre, pobres consiguio que aprendiera a leer y escribir y a los 17 años luchó en el ejército parlamentario durante la guerra civil. En 1648, se casó con Margaret Bentley cuyos padres eran miembro de los puritanas de la época y muy fervorosos, en la que ingresó tras experimentar una conversión religiosa. La lectura de Comentario a los gálatas, de Martin Lutero, le impresionó profundamente por encontrar en el libro su propia experiencia espiritual.
En 1655 se convirtió en uno de los líderes de una congregación de inconformistas de Bedford y empezó a pronunciar sermones como predicador laico en los que expuso las experiencias de su conflicto espiritual. Después de morir su esposa, volvió a casarse y se convirtió en un predicador famoso que reunía grandes audiencias, lo que levantó las iras del clero oficial que no admitía la libertad de predicación de los ignorantes o de los que no estaban ordenados. Su declaración teológica más importante de esta época se encuentra en La doctrina de la ley y la gracia (1659). Tras la restauración de Carlos II en 1660, los puritanos perdieron el privilegio de la libertad de culto y se declaró ilegal toda liturgia que no estuviera de acuerdo con la Iglesia anglicana. Bunyan, que persistió en sus prédicas prohibidas, acabó en la prisión del condado de Bedford de 1660 a 1672, aunque durante este tiempo se le permitió cierta libertad y pudo sostener a su familia haciendo cordones de zapatos.
Mientras estuvo en la cárcel, separado de su esposa y de sus hijos, especialmente de una hija ciega que tenía; su biblioteca consistió en la Biblia y El libro de los mártires del teólogo John Foxe. Estudiando el contenido y estilo literario de estas obras, empezó a escribir folletos y libelos. Antes de salir escribió la primera de sus obras importantes, su autobiografía espiritual, Gracia al mayor de los pecadores (1666).
En 1675 volvió a prisión durante seis meses por negarse a dejar de predicar; probablemente fue donde escribió la mayor parte de su obra principal, El progreso del peregrino. Viaje de un cristiano a la ciudad celestial, una alegoría del peregrinaje de un alma en busca de la salvación. La primera parte se publicó en 1678, la segunda en 1684. Durante su vida vio diez reediciones, y en su momento fue el libro más leído en Inglaterra después de la Biblia y ejerció una gran influencia en los escritores ingleses posteriores. Famoso por su estilo sencillo y bíblico, El peregrino está considerado como una de las mejores alegorías de la literatura inglesa, y ha sido traducido a mas de ciento cincuenta lenguas, El Peregrino es el libro de mayor circulación despues de la Biblia.
En los últimos años de su vida, Bunyan fue reconocido mundialmente, además de como clérigo puritano, como uno de los escritores más importantes. Aunque dedicó la mayor parte del tiempo al cuidado pastoral de su congregación, siguió publicando tratados teológicos, sermones y poesía, además su vida radicaba en su profundo conocimiento de las Sagradas Escrituras, que él tanto amaba, y en la perseverancía de sus oraciones a Dios a quien adoraba.
Murió de neumonía el 31 de agosto de 1688 en Londres a los sesenta años. Obras suyas son Vida y muerte de mister Badman (1680), una descripción de la vida de un depravado en la que condena de los vicios de la sociedad de la Restauración, La guerra santa (1682), una alegoría religiosa y social.
Otras obras escritas son las siguientes: «Gracia abundante para el principal de los pecadores», «Llamado al ministerio», «La conducta del creyente», «La gloria del templo», «El pecador de Jerusalén es salvo», «Las guerras de la ciudad de Alma humana», «Vida y muerte del hombre malo», «El sermón del monte», «La higuera estéril», «Discursos sobre la oración», «El viajero celestial», «Gemidos de un alma en el infierno», «La justificación es imputada» y el libro más vendido después de la Biblia «El Progreso del Peregrino».
